本計畫於91-95年原於「台灣動物相典藏之研究：魚類與貝類」計畫項下執行，96-101年隨國家型計畫進入第二期，獨立為「台灣本土貝類之數位典藏計畫」。第二期計畫簡介如下：

台灣本土魚類之數位典藏計畫：本計畫利用第一期數典計畫五年中所完成的「臺灣魚類資料庫」為基礎架構，加速修訂及更新該資料庫的內容，使其在二期計畫中，能讓目前的2,000種物種解說增加到3,000種以上。資料內容包括各種魚類的正確學名、產地分佈、形態分類、參考文獻、魚種基本解說資料（生態習性、生活史、資源利用等）、國內外標本館典藏之標本資料及圖像（標本照、生態照、生態影片）等。這些資料藉多媒體資料庫技術予以整合、管理、維護，使社會大眾均可透過網路公開瀏覽、查詢、擷取及使用。此外，「臺灣魚類資料庫」之建構在國際上已具有聲譽，不但成功的與全球魚庫「FishBase」合作，也整合至中央研究院的TaiBIF（National Node）並藉此參與全球生物多樣性資訊機構（GBIF）與全球各國分享資料。（資料來源：中研院數位典藏資源網）