本中心以專案中心形式設立，設置召集人1名、副召集人3名、執行秘書1名、技術長1名。最高指導單位為中央研究院數位典藏諮議委員會。
總計畫辦公室在運作上設「專案」（負責內容建置）、「技術」（負責網站設計、程式開發與系統建置）、「行政」（負責各項任務的編組與支援）三組，主要推動「數位人文研究工具」研發及「學術出版與數位展示」事務。同時亦透過公開、透明的外部學術審查機制，每年徵選與管理子計畫，協助各計畫執行「數位人文知識庫建置」，並以數位工具與技術支援「數位人文創新研究計畫」，藉由各所及個別研究人員的鑽研，共同推動本院數位人文領域研究。
總計畫辦公室項下主要職掌如下：
| 數位人文研究工具 |
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- 文本分析研究平台：一站式提供研究素材、數位工具與研究夥伴，協助人文學者進行巨量資料分析
- 圖像分析研究平台：協助人文學者以更具效率的方式，儲存、展示應用、加值處理、研究數位時代下巨量的圖像資源
- 影像文字辨識（OCR）技術：發展「影像文字辨識線上編輯與校對系統」，協助合作單位自行進行中文文本影像的全文轉製
- 鏈結開放資料（LOD）計畫：致力於LOD應用發展，建立FAIR原則導入鏈結資料規範，提升資料開放近用性，讓臺灣數位文化資產跨越語言、文化疆界，鏈結世界
- 小學堂文字學資料庫：持續建置形、音、義綜合的文字學資料庫，作為國內外文字學研究的重要參考來源
- 「藝術與建築索引典」中文版（AAT-Taiwan）：執行美國蓋提研究中心「藝術與建築索引典」（AAT）轉譯為中文繁體、在地化新詞彙建置工作
- 系統建置技術：執行本中心各專案、子計畫之系統分析、網站設計與平台開發，保存與維運逾620個網站
- 「清代檔案與數位人文研究——以官方查辦民間教門為核心」計畫：運用清代史料，結合文字識別工具、關鍵詞彙知識本體之建構，進行跨組織、跨區域的長時段研究
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| 學術出版與數位展示 |
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- 出版與書展：與本院各所合作，結合實體出版與數位出版，推廣研究成果，打造國際一流之學術出版品牌
- 開放博物館：採用開放的授權方式，打造一個結合典藏管理、研究展示功能的數位博物館服務系統，亦為本院研究成果的轉譯與線上展示平台
- 國際連結：透過與國際組織機構實質合作、國際研討會舉辦、學術發表等形式，強化與國際學術社群的交流，提升臺灣數位文化的國際能見度和影響力
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| 行政組 |
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- 人力資源調配控管：配合計畫分配，進行跨單位的人力控管
- 會計及經費控管：配合院方的經費調控，進行跨單位的經費控管
- 計畫徵選與審查管考：透過外部學術審查機制，徵選與管理子計畫，進行院方與子計畫的橫向溝通及政策執行
- 總務及會議承辦：籌辦研討會、專題演講等，以及相關工作會議的記錄、落實與推行
- 對外提報及質詢回覆：因應院方與立法院之資訊告知需求，提供各式報告與說明
- 聯合目錄匯入品質檢測：針對子計畫數位化物件匯入「聯合目錄」之品質，進行核對與分析
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